Proteinanalys med hög precision

2018-09-18

Hallå där, Jonas Bergquist och Sara Lind på institutionen för kemi – BMC som även jobbar vid faciliteten för masspektrometri (MS)-baserad proteomik som delfinansieras av teknisk-naturvetenskapliga fakulteten:

MS-plattformen öppnade redan 2012 på SciLifeLab men drivs sedan 2017 inom forskningsprogrammet för analytisk kemi på BMC. Hittar folk till er?

Jonas: – Vi har en stor kundkrets från hela nationen och även internationellt.  Även om det finns kännedom om faciliteten pågår det ett generationsskifte inom alla forskargrupper och miljöer. Därför är det bra med en uppdatering om verksamheten och vilka nya verktyg vi utvecklar. Som användare inom Uppsala universitet får man också ett väldigt rabatterat och förmånligt pris för att göra sina försök hos oss.

 Vad kan er facilitet hjälpa till med?

Jonas: – Vi erbjuder en grundlig proteinbestämningsmetod, eller proteomik som vi kallar det när man tittar på många proteiner på en och samma gång. Med hjälp av den identifierar och kvantifierar vi proteiner i komplexa prover.

Sara: – Vi analyserar alla slags prover på bakterier och virus från såväl hundar, katter och hästar som människor. Det kan röra sig om prov från exempelvis plasma, odlade celler eller olika kroppsvätskor. Vi kan även titta på vävnader som har förvarats i biobanker. Ett annat av våra områden är växt- och miljörelaterade analyser.

– Forskargrupper kan inte själva sätta upp den här utrustningen. Det är väldigt kostsamma instrument som kräver specialkompetens och noggrann hantering för att kunna generera och analysera resultaten.
 

Vid faciliteten arbetar fyra personer med bakgrunder inom kemi, biologi, medicin, och även husdjursagronomi. Varje år utförs analyser inom ett 80-tal projekt. 

Vad är unikt för faciliteten?

Jonas: – Det är den samlade kunskap vi har byggt upp när det gäller specifika metoder för provtagning och provbearbetning kombinerat med djuplodande analys. Hur vi på ett korrekt sätt kan mäta saker i komplexa prover så som cerebrospinalvätska och hjärnvävnad är om inte världsunikt, så åtminstone klart unikt på nationsnivå. När det gäller att titta på ovanliga cellslag och organismer i alla dess former så har vi också kunnat bygga upp en kunskap som är unik för Sverige.

  

Läs mer om masspektrometrifaciliteten vid Teknat

 

Anneli Björkman